Mikroskopinė nuosėdų analizė, kurią rekomenduojama atlikti, jei bendrajame šlapimo tyrime analizatoriumi randama pakitimų. Mikroskopinio tyrimo metu šlapime nustatoma: eritrocitai, leukocitai, gleivės, epitelio ląstelės (plokštaus, tarpinio, inkstinio), cilindrai, mikroorganizmai (bakterijos, grybai, trichomonos), kristalai, kt.