Antitiroidinė peroksidazė (ATPO) (antitiroidiniai mikrosominiai antikūnai) yra vienas svarbiausių skydliaukės autoimuninio proceso rodiklių. ATPO dažnai nustatomas kartu su anti-TG. ATPO nustatyti reikia kuo anksčiau, nes hipotirozė dažnai aptinkama kaip jau įvykęs faktas. Ankstyvas ATPO nustatymas leidžia laiku diagnozuoti autoimuninį procesą (pvz., Hashimoto tiroiditą) tokioje stadijoje, kai ryškios hipotirozės požymių dar nėra. ATPO tyrimas atliekamas siekiant aptikti skydliaukės patologijos bei norint atlikti etiologinių ligos faktorių patvirtinimą. ATPO nustatymas bei citologinė skydliaukės aspirato analizė (randama limfocitinė infiltracija) leidžia išvengti bereikalingos chirurginės intervencijos. ATPO koncentracijos nustatymas taip pat gali būti naudojamas įtarus skydliaukės patologiją, besireiškiančią po gimdymo.